安溪清水源进香吉日的选择，可结合传统黄历与当地世代传承的习俗，黄历中标注宜祭祀、祈福的日子，是多数信众的首选，而农历每月初一、十五，以及清水祖师诞辰（农历正月初六）、成道日（农历五月初六）等特殊节点，更是当地公认的重要吉日，据当地老人说，这些特殊吉日是清水祖师显灵的日子，信众在这些日子进香，心愿更容易被神明听到，部分信众还会结合自身的生肖、生辰八字做微调，比如属马的信众会避开与生肖相冲的日子,这类个性化选择在当地信众中较为普遍。
确定吉日后，进香前的准备要兼顾传统规矩与个人实际，贡品需以清水祖师喜爱的素食为主，比如当季的新鲜水果、安溪本地的清茶、手工糕饼，忌用荤腥或带辛辣气味的食物，部分信众还会准备少量香油钱，金额随个人心意，没有固定要求，可放在寺庙的功德箱中，要提前查询清水源的开放时间，避免在闭馆时段前往，不少外地信众会提前一天到附近的民宿落脚，调整作息以保持虔诚的状态，进香前还要注意仪容整洁，穿着朴素得体的衣物，避免过于暴露或花哨的款式,这是对神明的基本尊重。
到达清水源后，进香流程要遵循当地的传统规矩，通常先在山门处焚香祈福，再依次前往主殿、配殿参拜，参拜时双手持香，弯腰鞠躬，默念自己的心愿，不要随意走动或打断他人的参拜，如果是带孩子一起进香，要提前告诉孩子不要乱跑，不要碰殿内的物品，培养孩子的礼仪意识，这也是对传统文化的传承，进香全程要保持安静，不要大声喧哗，也不要触摸殿内的神像、供品，更不能在寺庙内吸烟、乱扔垃圾,维护好场所的整洁。
进香结束后，可在附近的茶座品尝正宗的安溪铁观音，感受当地的茶文化，也能为这次行程增添别样的体验，如果是外地信众，建议提前规划好交通路线，避免临时奔波，遇到疑问可向寺庙的义工或当地居民请教，他们大多会热心解答，进香后不要急于返程，可在清水源周边的步道散步，欣赏当地的山水风光,留下一段宁静的回忆。